近期，国务院医改办、国家卫生计生委、财政部、国家中医药管理局公布了公立医院综合改革首批国家级示范城市和第二批国家级示范县，云县作为云南省唯一入选的县份跻身于全国第二批26个国家级示范县之列。

2012年10月，云县被确定为云南省30个县级公立医院综合改革试点县之一；2014年4月，被确定为全国第二批700个县级公立医院综合改革试点县之一；2014年5月，在全省率先全面启动实施实施了以紧密型县乡村医疗卫生服务一体化管理改革为核心的县域医疗卫生共同体建设工作，取得了显著成效，探索实施的紧密型县乡村医疗卫生服务一体化管理模式分别入选国务院医改办《2015年县级公立医院综合改革案例选编》和《2016年全国深化医药卫生体制改革案例汇编》。